交通运输部水运科学研究院自1956年 成立伊始，从无到有、从有到专、从专到精，发展成为覆盖水运管理、政策法规、发展战略与规划、安全与应急、环保与节能、港口工艺与装备、自控与通讯、信息与智能化、航海保障等多个专业领域，集科研、咨询、工程及新产品研发为一体的交通运输部直属研发机构；具备了甲级工程咨询、环境评价、安全评价、港口工艺 设计资质，并具有水运工程设计、水运工程监理、建设项目节能评价资质和职业安全卫生评价资格。是交通行业唯一具有港口设施保安评估资质的机构。拥有一批国内外有知名度的专家，建立了博士后科研工作站。2001年我院整体通过了ISO9001质量管理体系认证。

在 我国水运事业发展历史中，我院创造出中国水运事业的多项第一，论证了我国第一条国际集装箱运输航线、研发了我国第一只国际集装箱，编制了我国第一套集装箱运输管理办法，开发了第一套集装箱码头管理信息系统和航运企业生产调度管理信息系统；首次将可编程控制技术应用于港口，开创了我国港口装卸系统自动化的先 河；主持研发了我国第一台岸边集装箱装卸桥等重大装备，打破了大型港口装备只能依赖进口的历史；率先开展了港口保安评估与计划编制，为我国政府按期履行国际公约奠定了坚实基础。

改革开放以来，我院领衔了各个时期的水运发展战略的研究工作，承担了数百项国家和交通运输部下达的重大科研任务，获得国家和行业科技奖励210项，专利36项，软件著作权18项，拥有一座占地15万平方米的大型综合试验场，建有“港口物流装备与控制工程 ”等交通行业重点实验室和科研成果转化基地。

交通行业水运安全评审中心、港口保安研究咨询中心、APEC港 口服务网络秘书处、水运行业能源监测中心设在我院，经交通运输部批准，成立了经济政策与发展战略研究中心、法律研究中心、安全与应急技术研究中心、环境保护与节能技术研究中心、电气与信息通讯技术研究中心、港口工艺与装备技术研究中心、水运工程技术研究中心、船舶运输技术研究中心、物流工程技术研究中心、 航海保障技术研究中心、信息中心、交流培训中心以及港口劳动安全卫生工程试验检测中心和港口机械质量检测中心。

全国集装箱标准化技术委员会秘书处、中国航海学会集装箱专业委员会、中国航海学会危险品运输专业委员会、中国航海学会船舶防污染专业委员会、全国起重机臂架专业委员会秘书处均设在我院。

面对“十二五”发展机遇，我院在战略规划、政策法律、安全应急、环保节能、港口物流、智能水运等主攻领域形成比较优势，为实现国内权威、国际著名的水路交通运输综合性科研机构的战略目标奠定坚实基础。